En general, una trufa es el fruto de una especie subterránea (algo que vive bajo tierra) de hongos durante una determinada fase del ciclo vital del hongo. Las trufas mágicas, concretamente, son los esclerocios de Psilocibina que contienen hongos pero no son hongos en sí, son masas compactas de micelio, que sirven de reserva a todo el hongo.
Su nombre científico es esclerocios (en plural). A pesar de algunas informaciones erróneas, las trufas mágicas contienen psilocibina, al igual que sus hermanos los hongos de la superficie. Normalmente, los esclerocios se forman cuando las condiciones de crecimiento de los hongos fructíferos no son óptimas, por lo que el hongo crea inteligentemente un almacén de agua y alimentos en forma de trufa que puede prosperar bajo tierra hasta que el entorno mejore.
De las más de 200 especies de setas de psilocibina sólo unos pocos seleccionados, como Psilocybe Tampanensis, Mexicana o Atlantis, pueden realmente formar trufas propias.