En général, une truffe est le fruit d'une espèce souterraine (quelque chose qui vit sous terre) de champignons pendant un certain stade du cycle de vie du champignon. Les truffes magiques, plus précisément, sont les sclérotes de Psilocybine contenant des champignons mais qui ne sont pas eux-mêmes des champignons, ce sont des masses compactes de mycélium, servant de réserve à l'ensemble du champignon.
Leur nom scientifique étant sclérotes (au pluriel). En dépit de certaines informations erronées, les truffes magiques contiennent en fait de la psilocybine, tout comme leurs frères et sœurs champignons de surface. En général, les sclérotes se forment lorsque les conditions de croissance des champignons à fruits ne sont pas optimales. Au lieu de cela, le champignon crée intelligemment des réserves d'eau et de nourriture sous la forme de la truffe, qui peut se développer sous terre jusqu'à ce que l'environnement s'améliore.
Parmi les plus de 200 espèces de champignons psilocybines seuls quelques-uns, comme le Psilocybe Tampanensis, Mexicana ou Atlantis, peuvent former leurs propres truffes.