Ogólnie rzecz biorąc, trufla jest owocem podziemnego (coś, co żyje pod ziemią) gatunku grzyby podczas pewnego etapu cyklu życiowego grzyba. Magiczne trufle, konkretnie, są sklerotami Psilocybina zawierające grzyby, ale same nie są grzybami, są zbitymi masami grzybni, służącymi jako rezerwa dla całego grzyba.
Ich naukowa nazwa to sclerotia (liczba mnoga). Pomimo niektórych błędnych informacji, magiczne trufle w rzeczywistości zawierają psilocybinę, tak jak ich nadziemne rodzeństwo grzybów. Zazwyczaj sklerotia są tworzone, gdy warunki wzrostu dla grzybów owocujących nie są optymalne, zamiast tego grzyb inteligentnie tworzy wodę i zapasy żywności w postaci trufli, które mogą rozwijać się pod ziemią, dopóki środowisko nie zmieni się na lepsze.
Spośród ponad 200 gatunków grzyby psylocybinowe tylko wybrane gatunki, takie jak Psilocybe Tampanensis, Mexicana czy Atlantis, mogą tworzyć własne trufle.