În general, o trufă este fructul unei specii subterane (ceva care trăiește sub pământ) de ciuperci într-o anumită etapă a ciclului de viață al ciupercii. Trufele magice, mai exact, sunt scleroți de Psilocibină care conțin ciuperci, dar nu sunt ciuperci propriu-zise, ci sunt mase compacte de miceliu, care servesc drept rezervă pentru întreaga ciupercă.
Denumirea lor științifică este sclerotia (plural). În ciuda unor informații eronate care susțin contrariul, trufele magice conțin, de fapt, psilocibină, la fel ca și frații lor de deasupra solului. În mod obișnuit, sclerotia se formează atunci când condițiile de creștere pentru ciupercile fructifere nu sunt optime, în schimb ciuperca creează în mod inteligent un depozit de apă și hrană sub forma trufei care poate prospera sub pământ până când mediul se schimbă în bine.
Dintre cele peste 200 de specii de ciuperci psilocibină doar câteva specii selecte, cum ar fi Psilocybe Tampanensis, Mexicana sau Atlantis, pot forma trufe proprii.