En trøffel er generelt frugten af en underjordisk (underjordisk) art af svampe i en bestemt fase af svampens livscyklus. Magiske trøfler er specifikt sclerotia af Psilocybin indeholder svampe, men er ikke svampe i sig selv, men er komprimerede mycelmasser, der fungerer som en reserve for hele svampen.
Deres videnskabelige navn er sclerotia (flertal). På trods af nogle fejlinformationer om det modsatte indeholder magiske trøfler faktisk psilocybin ligesom deres svampesøskende overjordiske svampe. Typisk dannes sclerotier, når vækstbetingelserne for frugtsvampe ikke er optimale, og i stedet skaber svampen på intelligent vis et vand- og fødevarelager i form af trøflen, som kan trives under jorden, indtil miljøet ændrer sig til det bedre.
Af de over 200 arter af psilocybin-svampe kun nogle få udvalgte arter som Psilocybe Tampanensis, Mexicana eller Atlantis kan faktisk danne deres egne trøfler.