Un sustrato es cualquier medio en el que algo crece, como una maceta de tierra o un montón de virutas de madera, en el caso de los hongos se encuentran típicamente en cualquier cosa que se esté pudriendo, algunas raíces de hierba moribunda o un tronco caído de un árbol proporcionan el hogar perfecto para un hongo ya que la descomposición de la materia biológica es típicamente la forma en que los hongos sobreviven.
En el caso concreto de las setas mágicas, los sustratos que prefieren son de serrín, virutas de madera, troncos o incluso granos.
Mientras haya algo de podredumbre y un poco de oxígeno para acompañarla, un hongo podrá prosperar, en Wholecelium los sustratos están hechos de grano y arroz.