Um substrato é qualquer meio em que algo cresce, como um vaso de terra ou uma pilha de aparas de madeira; no caso dos cogumelos, estes são tipicamente encontrados em qualquer coisa que esteja a apodrecer, algumas raízes de relva a morrer ou um tronco caído de uma árvore fornecem a casa perfeita para um fungo, visto que a decomposição da matéria biológica é tipicamente a forma como os cogumelos sobrevivem.
Especificamente com cogumelos mágicos, os substratos que preferem são feitos de serradura, aparas de madeira, troncos ou mesmo grãos.
Desde que haja alguma podridão e um pouco de oxigénio para acompanhar, um cogumelo poderá geralmente prosperar, em Wholecelium os substratos são feitos de grãos e arroz.